Ik gebruik ook Thunderbird. Wanneer ik in de spamfolder een bericht aanklik verschijnt er een gele band met de melding dat Thunderbird denkt dat dit spam is. Aan de rechterkant van die gele balk staat een knop waarmee je die mail kan aanduiden als "niet ongewenst".
Ik heb het zelf nog niet uitgetest maar dit zou, denk ik, uw probleem moeten oplossen. Voorwaarde is wel dat je een mail uitkiest die representatief is voor de mails die volgens u onterecht aangeduid zijn als spam.

StefaanH | Krak De Gustibus et Coloribus non est disputandum. Vergeet niet om likes te geven en/of als oplossing te markeren.